La villa copre un sito di età Flavia e Traianea del quale restano cinte murarie ora coperte dai livellamenti del terreno e parzialmente visibili solo dal lato Sud. Ospitava i castra della V coorte dei Vigiles. Scavi archeologici condotti in epoche relativamente recenti hanno portato alla luce nel 1889 la Basilica Hilariana, eretta da Manius Publicius Hilarus, ed i suoi singolari mosaici dei quali si è supposto che contenessero iscrizioni di superstizione. Molti reperti furono ceduti ai Musei Vaticani. Alcune fontane furono opera di Gian Lorenzo Bernini (chiamato ad eseguirle da Girolamo Mattei), ma andarono distrutte. Il portale monumentale proviene dalla Villa Giustiniani-Massimo (o Massimo-Lancellotti, o Villa Massimo al Laterano), un tempo ubicata alla via Matteo Boiardo ed oggi scomparsa per edificazione; il portale fu qui ricostruito nel 1931. L'attuale non è l'originale ingresso principale, che si trovava invece a Nord, sulla piazza SS.Giovanni e Paolo. Il viale d'ingresso conduce al "casino", o "Palazzetto Mattei", opera di Jacopo Del Duca, attuale sede della Società Geografica Italiana e, per il tramite di questa, anche della Società Geografica Europea (EUGEO) e del segretariato permanente dell'Unione Geografica Internazionale.